YANG MING  CHIAO TUNG INSTITUTE OF BIOMEDICAL INFORMATICS
首頁   國立陽明交通大學    ENGLISH VERSION

111生醫資訊程式設計課程資訊

科目名稱 生醫資訊程式設計Biomedical Informatics Programming
學分數 2學分
授課時數 每周6小時
(2022/07/19 起,每週二、四上午09:00-12:00及下午14:00-17:00)
授課老師 鍾翊方老師 (#67358、ifchung@nycu.edu.tw)
黃彥華老師 (#67982、yhhuang@nycu.edu.tw)
教學目標 欲進行大規模的資料分析,如基因體序列、基因表現量數據,醫學影像辨識,以探索資料與生命現象間的關係,必須具備巨量資料處理之能力。本課程的設計理念,是介紹以自行寫作電腦程式的方式,配合已有之生物資訊軟體,來達到巨量序列資料分析的目標。本課程期望能達成兩大目的:1) 使學生明瞭電腦程式處理資料之運作原理,2) 使學生有能力撰寫電腦程式,進行資料整合及分析。如此,使學生不再將大資料之處理,視為難以理解的黑盒子。
評分標準 課堂參與 20%,作業、報告 80%

Schedule:

日期 時間 講題 時數 教師姓名
07月19日 上午09:00-12:00 Basis for R (I) 3 鍾翊方
07月19日 下午14:00-17:00 A brief introduction to Python and its ecosystem 3 黃彥華
07月21日 上午09:00-12:00 Basis for R (II) 3 鍾翊方
07月21日 下午14:00-17:00 Types, variables, and loop (1) 3 黃彥華
07月26日 上午09:00-12:00 Plot 3 鍾翊方
07月26日 下午14:00-17:00 Types, variables, and loop (2) 3 黃彥華
07月28日 上午09:00-12:00 Machine learning application (I) 3 鍾翊方
07月28日 下午14:00-17:00 Sort and Sympy 3 黃彥華
08月02日 上午09:00-12:00 Machine learning application (II) 3 鍾翊方
08月02日 下午14:00-17:00 Simple IO and regular expression 3 黃彥華
08月04日 上午09:00-12:00 ggplot2 3 鍾翊方
08月04日 下午14:00-17:00 Numpy, Pandas, 期末考驗 3 黃彥華

教科書: 自編講義

參考書籍及網站:

(1) Learning Python, by Mark Lutz
(2) Python初學特訓班, by文淵閣工作室
(3) Python超零基礎最快樂學習之路:王者歸來, 深石出版社
(4) Python 資料運算與分析實戰, 旗標出版社
(5) https://docs.python.org/3/tutorial/
(6) https://github.com/topics/learning-python

備註:

  • 課程內容主要為R與Python程式語言及生物資訊分析程式實作
  • 本課程為開給生物背景的同學修的線上課程
  • 本課程將使用生醫資訊所-線上學習系統平台分享上課講義及上傳作業相關檔案
    (若有「線上學習系統」相關問題,煩請聯繫 諭琇 <esme@nycu.edu.tw> )