YANG MING CHIAO TUNG INSTITUTE OF BIOMEDICAL INFORMATICS
| 碩士班 | 博士班 |
| 原生物資訊研究所畢業生 | |
| 原衛生資訊與決策研究所畢業生 | |
博士班畢業生  |
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| 2020年畢業 |
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| 姓名 | 指導教授 | 論文題目 |
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| 楊志賢 | 張傳雄老師 | 透過大規模分析大腸桿菌單基因擾動的基因表現， 揭露基因表現調控與基因網路拓樸性質的關聯性(Large-scale investigation of single-gene perturbations of Escherichia coli revealed the association between gene expression controls and topological properties of gene regulatory networks) |
| 2019年畢業 |
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| 姓名 | 指導教授 | 論文題目 |
| 溫子寧 | 張博論老師 | 整合型行動健康照護模式支持高齡居家照顧者之研究(The Study of Integrated Mobile Health Care Model in Supporting the Older-Old Caregiver) |
| 2018年畢業 |
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| 姓名 | 指導教授 | 論文題目 |
| 李品萱 | 陳麗芬老師 | 原發性痛經女性靜息態神經網路之腦磁圖研究(Changes in functional coupling of oscillatory brain activity in primary dysmenorrhea revealed by magnetoencephalography) |
| 吳乃元 | 劉德明老師 | 自然語言處理進行自動分類的研究－以肺部磁振造影為例(Automatic Classification of Magnetic Resonance Imaging Reports Using Natural Language Processing) |
| 江素倩 | 巫坤品老師 | 藉由免疫組織化學染色註解資料庫篩選癌症標記候選蛋白(Prioritization of Cancer Marker Candidates Based on the Immunohistochemistry Staining Images Deposited in the Human Protein Atlas) |
| 陳韻茹 | 黃宣誠老師／林振慶老師 | 調控反饋迴路橋接人類基因調控網路及癌變(Regulatory feedback loops bridge the human gene regulatory network and regulate carcinogenesis) |
| 劉盈丹 | 陳麗芬老師 | 長期經痛對情緒處理及大腦複雜度之影響：神經造影學研究(Effects of long-term menstrual pain on emotional processing and brain complexity: Neuroimaging studies using magnetoencephalography) |
| 羅盈智 | 劉德明老師 | openEHR指引定義語言建立電子臨床指引之研究-以腎性貧血為例(Research on the Building Electronic Clinical Guideline with openEHR Guideline Definition Language - Renal ) |
| 鄭成偉 | 許聞廉老師 | 階層性且可規劃的一鍋化寡醣合成(Hierarchical and Programmable One-pot Synthesis of Oligosaccharides) |
| 崔妍妍 | 張博論老師 | 整合型評估量表對於中國長期照護需求評估之分析：以上海為例(The Study of Care Need Assessment with Comprehesive Assessment Tool for Long Tern Care in China: Taking the Use of CARE in ShangHai as an Example) |
| 郭明娟 | 張博論老師 | 智慧型病人安全導向行動化療給藥支持系統之建置研究(The Study of Building a Smart Patient-safety-based Mobile Chemotherapy Medication Support System) |
| 涂明香 | 張博論老師 | 如何避免行動健康科技過時之挑戰:長照複雜文書評估系統的開發經驗(How to Avoid Obsolescence in Mobile Health: Experiences in Designing a Mobile Support System for Complicated Documentation at Long-Term Care Facilities) |
| 李穎俐 | 張博論老師 | 使用行動應用程式促進腸造口病人互聯健康的用戶體驗(User Experience of Using Mobile Apps Facilitating Connected Health for Patients with Enterostomy) |
| 2017年畢業 |
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| 姓名 | 指導教授 | 論文題目 |
| 朱是鍇 | 楊欣洲老師 | 跨族群間的DNA甲基化差異及其對藥物表觀基因學的影響(Interethnic DNA Methylation Difference and its Implications in Pharmacoepigenetics) |
| 李曉玟 | 黃宣誠老師／渡邊幸一老師 | 分析比較基因體學及研究微生物群落來探索乳酸菌潛在有益功效(Exploration of beneficial functionality of lactic acid bacteria by analysis of comparative genomics and microbial community) |
| 賴恩語 | 巫坤品老師 | 定量蛋白體資料之功能性分析(Functional Analysis for Quantitative Proteomic Data) |
| 黃美菊 | 楊欣洲老師 | 分析新世代人種優化生物晶片產出之雜交強度和基因型資料的整合分析工具(An Integrated Analysis Tool for Analyzing Hybridization Intensities and Genotypes Using New-Generation Population-Optimized Human Arrays) |
| 賴淑美 | 劉維中老師 | 生態網路結構的探索: 假說與方法論(Exploring the structure of ecological networks: hypothesis and methodologies) |
| 田惟升 | 巫坤品老師 | 裁切膜蛋白預測工具與資料庫建置(Shed membrane protein prediction and database construction) |
| 楊軒佳 | 劉德明老師／李友專老師 | 系統性探索長期用藥對癌症風險之衝擊(Systems approach for exploring cancer risk with long-term-use drugs) |
| 劉佳鑫 | 李克昭老師 | 轉譯生物資訊研究之ㄧ些課題(Topics in Translational Bioinformatics) |
| 林肇基 | 黃鎮剛老師 | 蛋白質交互作用界面之動態分佈模式(On the dynamics distribution in unbound protein-protein interaction interface) |
| 2016年畢業 |
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| 姓名 | 指導教授 | 論文題目 |
| 楊崎 | 張傳雄老師 | 探勘大腸桿菌轉錄因子DNA結合位之核苷酸相依性(Mining the within-motif nucleotide dependence of transcription factor binding sites in Escherichia coli) |
| 安莉達 | 范盛娟老師 | 在大規模之關連分析中利用數種統計方法辨識致病基因和表徵遺傳之影響(Using Non-parametric and parametric techniques to identify disease associated genes and epigenetic effects in large scale association studies) |
| 張彙音 | 宋定懿老師 | 應用於蛋白體及代謝體的質譜資料之計算與分析方法(Computational and Analytical Methods for Mass Spectrometry-Based Omics Data and Applications) |
| 李彤昕 | 宋定懿老師 | 鑑定醣蛋白及其醣基化位置的生物資訊研究(Automated Site-Specific Glycoprotein Identification From Intact Glycoproteomics Experiments) |
| 蔡哲文 | 李文雄老師 | Assembling the foxtail millet genome into nine chromosomes and insights into regions and variations affecting growth and drought tolerance |
| 張益峯 | 吳韋訥老師／徐明達老師 | 以次世代定序技術探討哺乳類樣本中轉錄體與甲基變化之相關性 |
| 蘇倫達 | 許昭萍老師 | Computational modelling in biology and chemistry: noise in developmental biology and equilibrium kinetics in a chemical system |
| 2015年畢業 |
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| 姓名 | 指導教授 | 論文題目 |
| 夏柏漢 | 李文雄老師 | 酵母菌基因表現調控機制的演化(Gene regulatory evolution in S. cerevisiae and S. paradoxus) |
| 李佩珊 | 李友專老師 |
雲端血壓: 轉譯個人化量測的治療方法(Cloud BP-Translating personalized measurement to therapeutic strategy) |
| 曾景鴻 | 湯森林老師 | 海洋及淡水生態系微生物群落與多源基因體之分析(Analysis of microbial community and metagenome in marine and freshwater ecosystems) |
| 曹筱玫 | 劉德明老師 | 醫療服務需求彈性之推估模型探討-以全民健保資料為例(Research on estimating medical service demand elasticity using National Health Insurance Research Database) |
| 2014年畢業 |
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| 姓名 | 指導教授 | 論文題目 |
| 吳政道 | 楊永正老師 | 基因可透過選擇性剪接微調高抑制性微小核糖核酸的調控(Fine-tuning of microRNA-mediated repression of mRNA by splicing-regulated and highly repressive microRNA recognition element) |
| 林冠廷 | 黃奇英老師 |
全轉錄體深度定序分析尋找潛在的肝癌生物指標(Identification of latent biomarkers in hepatocellular carcinoma by ultra-deep whole-transcriptome sequencing) |
| 顏安峰 | 李友專老師 | 運用海量數據(Big data)改善病人安全並減少醫囑資訊系統的給藥錯誤: 機率模式(“Big Data” Approach to Improve Patient Safety and Reduce Medication Errors in Computerized Physician Order Entry (CPOE) system: A Probabilistic Model) |
| 蔡宗曄 | 蔡懷寬老師 | 解析轉錄因子結合特性之生物資訊研究(Toward a Better Understanding of Transcription Factor Binding: Strategies, Features, and Applications) |
| 黃聖堯 | 鍾翊方老師 | 發展數學模式於探究血腦障壁之滲透情形(Development of Mathematical Models for Investigating Permeability of Blood-brain Barrier) |
| 高偉峰 | 張博論老師 | 醫學資訊在聖母峰之應用(Medical Informatics in Mount Everest) |
| 2013年畢業 |
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| 姓名 | 指導教授 | 論文題目 |
| 黃瑞蘭 | 黃宣誠老師／賴鴻政老師 | 子宮頸癌與卵巢癌的表基因體學分析(Epigenomic analysis of cervical and ovarian cancers) |
| 劉玳縈 | 陳麗芬老師 |
臉部表情早期知覺處理之神經基礎:正常人與情感性精神疾患之伽瑪振盪腦磁圖研究(The neural basis of early facial expression perception: neuromagnetic gamma-band studies in normal subjects and affective disorder patients) |
| 雪必兒 Shabbir |
李友專老師／劉徳明老師 | 利用創新的視覺化方式呈現人類疾病與疾病之關聯性(A Novel Approach to Visualize and Represent Meaningful Information about the Disease-Wide Associations in Human) |
| 謝忠和 | 李友專老師 | 以機器學習技術改造傳統臨床決策輔具工具— 應用隨機森林、支援向量機器與類神經網路於急性闌尾炎診斷與乳癌風險評估(Reforming traditional clinical decision support tools with machine learning technique—application of random forests, support vector machines and artificial neural networks in diagnosis of acute appendicitis and risk assessment of breast cancer) |
| 2012年畢業 |
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| 姓名 | 指導教授 | 論文題目 |
| 許家郎 | 楊永正老師 | 以計算方法排序疾病候選基因與尋找生物反應路徑間交互作用(Computational Approaches for Prioritizing Disease Candidate Genes and Discovering Pathway Cross-talks) |
| 巫孟叡 | 吳韋訥老師 |
從高通量技術之基因表現資料探索癌症生物標幟(Cancer biomarker discovery via meta-analyses of gene expression information digitized by high-throughput technologies) |
| 邵遵文 | 黃明經老師 | 人類持家基因表現的演算分析(A Computational Analysis of the Expression of Human Housekeeping Genes) |
| 蔡毓舜 | 鍾翊方老師 | 探勘標誌基因之電腦計算演算方法及其應用(In silico Approaches in Identification of Biomarkers from Gene Expression Data and the Application) |
| 陳毅誠 | 鍾翊方老師 | 基於模糊規則架構實現整合式降維分析與系統辨識(Integrated Approaches to Dimensionality Reduction and System Identification Using Fuzzy Rule Based Framework) |
| 蘇俊泓 | 鍾翊方老師 | 以機器學習法尋找有助於預測線形B細胞抗原決定位之特徵(Identification of useful features for predicting linear B-cell epitopes by machine-learning approaches) |
| 2011年畢業 |
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| 姓名 | 指導教授 | 論文題目 |
| 陳亭妏 | 林文昌老師 |
蛋白質模組結構應用在比較蛋白質體之探討 |
| 謝忠儒 | 黃明經老師 | 利用網路分析找尋常見蛋白質與小分子相互作用模組在分子對接與黏合位置預測上的應用 |
| 2009年畢業 |
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| 姓名 | 指導教授 | 論文題目 |
| 吳克銘 | 蔡世峰老師 | 克雷伯氏肺炎桿菌之比較基因體學研究(Comparative Genomics Study of Klebsiella pneumoniae) |
| 2008年畢業 |
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| 姓名 | 指導教授 | 論文題目 |
| 陳 琦 | 陳文盛老師 | 量化分析細菌染色體內關於鹼基組成偏差的突變及篩選壓力(Quantitative analysis of mutation and selection pressures on base composition skews in bacterial chromosomes) |
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